Anche l'averroismo, che si afferma a partire dalla seconda metà del sec. XIII soprattutto per opera di Sigieri di Brabante, Boezio di Dacia e Giovanni di Jandun, contesta la sintesi tomista in nome di un aristotelismo radicale. Gli averroisti, infatti, rivendicano la validità filosofica di tesi in contrasto con la dottrina rivelata, quali l'unicità dell'intelletto per tutto il genere umano, e quindi la negazione dell'immortalità dell'anima individuale; l'eternità del mondo; l'autosufficienza della filosofia in ordine alla felicità terrena dell'uomo. Sono perciò accusati di sostenere la teoria della "doppia verità" per la quale le verità di fede e le verità di ragione, tra loro indipendenti, possono arrivare a conclusioni contrastanti.