Pizarro schiera la sua cavalleria di appena 37 unità e per alcuni minuti gli avversari si misurano silenziosamente. I cronisti dell’epoca raccontano che un sacerdote cristiano si avvicina all’Inca e gli porge una Bibbia esortandolo a dare ascolto alla “parola dell’unico vero Dio” e a sottomettersi al re di Castiglia e al papa di Roma. Atahualpa si porta il libro all’orecchio e poi lo getta infastidito per terra dicendo “questa cosa non parla!”. Per gli Spagnoli il disprezzo della Bibbia è come un segnale d’attacco: a sorpresa Pizarro scaglia le sue truppe contro gli indios convenuti sulla piazza, fa chiudere gli stretti vicoli per impedire ogni via di fuga, uccide la scorta dell’Inca e scatena una sarabanda infernale tra cavalli e soldati che finisce in un massacro collettivo senza che gli Indios possano reagire. La strage, i saccheggi, l’uccisione di gente inerme continuano per tutta la notte e il giorno seguente. Atahualpa viene messo in catene ed è imprigionato nel suo palazzo.

Quando si sparge la notizia della cattura di Atahualpa l’Impero cade nel caos e nel panico. L’imperatore rivale Huascar fa sapere agli Spagnoli che in cambio dell’uccisione del fratellastro sarebbe disposto a colmare d’oro i conquistadores e a sottomettersi alla Corona spagnola: ma la sua proposta arriva in ritardo perché nel frattempo i sostenitori di Atahualpa riescono ad assassinare Huascar nel suo palazzo di Cuzco. Pizarro allora non ha piú scrupoli e propone un patto diabolico: in cambio di una stanza (della capienza di 88 metri cubi) riempita di oggetti d’oro e d’argento, sarebbe disposto a concedere la libertà a Atahualpa. In pochi giorni viene raccolto il riscatto, che consiste in 5.720 chili d’oro e 11 000 chili d’argento. Ovviamente Pizarro non ha la minima intenzione di salvare l’Inca e dopo aver allestito un processo sommario nel quale Atahualpa viene accusato di idolatria, lo fa condannare alla morte sul rogo – una fine ingloriosa e terribile per un Inca che crede nella conservazione del corpo oltre la vita, per cui le salme venivano mummificate, avvolte in preziosi tessuti e esposte durante le cerimonie religiose.

Forse per questa ragione Atahualpa – il quale non si fa piú illusione sulla sorte che lo attende – accetta all’ultimo momento di essere battezzato, in modo che la condanna venga tramutata in morte per garrotamento. Eseguita la sentenza per strangolamento, il corpo viene esposto nella piazza e poi sepolto “cristianamente” nella chiesa di San Francisco a Cajamarca, costruita in tutta fretta dai missionari che accompagnano l’armata. Secondo una leggenda peruviana, la salma viene trafugata nottetempo e trasferita a Quito, dove si troverebbe il misterioso sepolcro di Atahualpa.